不久,太史慈抵达平原,便向刘备游说:“我是东莱人氏,与孔融无骨肉之亲,也不是同乡同党,只是因为慕其戡乱平暴的志向,还有分灾共患的情义。今天管亥暴乱,孔融被围,孤立无援,危在旦夕。久闻使君向有仁义之名,更能救人危难,因此孔融正盼您去援助他,便派我冒刀刃之险,突出重围,从万死之中前来求援,唯望使君能伸出援手。”刘备感慨地说:“原来孔北海也知道世间有我刘备这个人啊!他既来求我帮忙,我又岂有不救之理!”立即点精兵三千人随太史慈驰援都昌。黄巾军闻知援兵已至,便撤离而去。孔融之围既解,就更加重视太史慈,他握着太史慈的手,真诚地说:“你真是我的忘年交啊。”之后太史慈回家拜母,其母对太史慈说:“我很庆幸你报答了孔北海啊!”
扬州刺史刘繇与太史慈是同乡故交,自太史慈离开辽东回来后,未与之相见。公元195年,太史慈想渡江到曲阿去看望刘繇,但还未启程,孙策已攻至东阿。有人劝刘繇拜太史慈为大将,以拒孙策,刘繇却说:“我若用他,孙策将必会笑我不识用人。”所以只令太史慈侦察军情。太史慈和一骑兵去神亭侦察,与孙策遭遇。当时孙策共有十三骑,个个都是黄盖、韩当、宋谦那样的勇猛之士。狭路相逢勇者胜,太史慈毫不畏惧上前拼杀,双方杀得难解难分,真是棋逢对手,将遇相才,正与孙策交战中,孙策刺倒太史慈的坐骑,夺走了太史慈系在颈后的手戟,而太史慈亦抢得孙策的头盔。直至两家军队都赶到神亭,二人才鸣锣收兵。从此,孙策认为太史慈确实是一员猛将,做梦都想把他收在帐下,便令部下,此后交战,不许伤了太史慈。
不久,太史慈守护刘繇逃奔豫章,遁走芜湖,逃入山中,刘繇自称丹杨太守。同时,孙策已经占领了宣城以东一带,唯有泾县以西有六县还在刘繇手中。太史慈也随后进驻泾县,建立屯守军府,山越之人争相归附。后来,孙策亲自攻讨泾县,太史慈终因寡不敌众被孙策生擒。孙策看到太史慈,立即为他松绑,握着他的手说:“还记得神亭一战吗?如果你当时将我生擒,你会怎样处置我?”太史慈说:“不可预料。”孙策大笑,又向太史慈道:“闻知卿昔日为郡太守劫州章,赴助于孔文举(融),请援于刘玄德(备),件件都是闻名的义举啊,真是天下间的智士,可惜现在却为刘繇效力。今后之路,我当与卿共闯。”即拜太史慈为门下督,回到东吴后授以兵权,任命他为折冲中郎将。
后来,刘繇在豫章去世,其部下士众万余人无所归附,太史慈向孙策请命道:“扬州军近日新破,士卒皆离心分散,难复再合聚;慈愿出去宣示恩惠,以安其心并集其众,但只怕不合尊意而已。”孙策竟跪地答道:“这实在是我本心所望。明日午时,希望君能及时归还。”众将都十分怀疑太史慈的行为,唯独孙策坚定地说:“太史子义是青州名士,向以信义为先,他终不会欺骗我。”第二天,孙策大请众将,大摆宴席,将一根竹竿矗立在营中观察日影。至日中,太史慈果然依约而回,孙策大喜,从此更加信任和重用太史慈。