南京陷落后，明朝官吏在浙江和福建分别拥立鲁王朱以海和唐王朱聿键。唐王爱大将郑芝龙的儿子郑森之才，赐以国姓，改名成功。郑成功劝唐王自己要振作起来，唐王不听。最后，这两王的抗清武装都被清军消灭和解除。鲁王后来依靠郑成功至死，唐王被清军捕杀。

清军在江南站稳脚跟后，就下了一道使当时的汉人认为是肉体上、精神上均受奴役的法令，这就是剃发令，要汉人按照满洲人的习俗剃去四围的头发，只在头顶上留下一条长辫子。剃法令下得十分严峻，限十天之内完成，并命令说：“留头不留发，留发不留头。”当时清军所派的剃发匠到处游走，强迫剃发，稍有违抗者，立即斩首，挂头在竹竿上示众。

这更加激起了人民的反抗。江阴人民的回答十分坚决：“头可断，发决不可剃！”城乡人民聚在江阴城准备抗清的人数有几十万之多，他们推举熟悉军事的阎应元统率全城军民，指挥战斗。

清朝调集攻城的满洲劲旅和叛军刘良佐所部前后达二十四万人，多次攻城，均被击退。

最后清军从南京运来二十四尊大炮集中轰击，昼夜不息。坚守了八十一天的江阴城才告陷落，组织抵抗的陈明遇全家焚死，阎应元自杀未死，为清军所害。全城人民“咸以先死为幸，无一顺从者”。清军死于城下者达七万五千多人，传说被击毙三王十八将，反映这一战役死亡高级将领之多。

江阴城的抗清斗争给予大江南北各地抗清的义军以极大的鼓舞和支持。

一部分明朝的官吏也组织群众坚持抗清斗争。少年诗人夏完淳跟从父亲夏允彝、老师陈子龙等谋起兵抗清。夏允彝因事不济自杀。夏完淳与陈子龙继续组织起义力量，并与鲁王联系，接受中书舍人的官职，又参与太湖义军的活动。陈子龙被清朝逮捕后，押解的船经过松江附近的石湖荡，奋身自沉，把两个差役连同自己一起溺死。夏完淳仍奔走国事，不幸为清朝所捕，押送南京。他痛骂审讯者洪承畴，慷慨就义，年仅十七岁。他所作的诗赋抒发政治抱负反映其斗争经历，慷慨悲歌，激动人心。

这些地区人民前仆后继的抗清斗争终于因彼此缺乏联络，被清军各个击破，但他们发扬了反抗民族压迫的优良传统，他们的事迹可歌可泣。

唐王被杀后，明朝在广西的大臣瞿式耜等拥立桂王朱由榔即位于广东肇庆，改元永历。永历政权得到了明末农民起义军的支持和拥护，实行“联明抗清”。

原属李自成的大顺军四十多万人坚持抗清，他们取得了“岳州大捷”和“全州大捷”。但永历政权内部派系斗争严重，他们排挤大顺军，清军乘机反扑，大顺军损失严重。此后，桂王退至南宁，李过病逝，高一功战死，余部与郝摇旗汇合，并与鄂西、川东一带义军组成“夔东十三家”，独立坚持抗清。

在永历政权出现危机时，大西军的后继领导人李定国出来支撑了危局。他歼灭清军达数十万人之多，收复了广西、湖南大部分和广东、江西的部分州县。后永历政权内部出现纷争，致使抗清力量削弱。1662年，吴三桂由缅甸俘永历帝还昆明，四月用弓弦绞杀于市，永历政权灭亡。同年七月，李定国病逝于勐腊。其他农民起义军抗清领袖的结局是：郝摇旗被捕牺牲，刘体纯兵败自杀，李来亨坚持到康熙三年（1664年）八月，最后一战，全部壮烈牺牲。抗清斗争坚持了二十年之久，虽然均告失败，但在民族斗争史上写下了光辉的一页。