府末期的日本，受到外国列强瓜分的严重威胁，由一群昏庸无能的武士统治下的国家支离破碎，民不聊生，到处兵荒马乱。 某日，在一个偏僻的村庄，一群强盗正在肆意抢夺，滥杀无辜。绯村剑心，原名绯村心太，当时只有5，6岁，但已经父母双亡，当时他正在一群被拐卖者的队中，同行者中还有几位命运和他一样悲惨的姐姐，心太曾说过会尽全力保护她们，但是，弱小的当时能做到的只是眼睁睁的看着几个姐姐被残酷杀害，反而是她们临死前哀求强盗放过心太，这残酷的一幕在心太的心中留下难以抹平的伤痕。
心太眼看也难逃一劫，忽然一道冰冷的剑光闪过，刹那间数命强盗已成剑下亡魂，心太面前出现一位衣着飘逸，威风凛凛的年轻剑客--飞天御剑流第15代传人比古清十郎。第二天，当比古清十郎准备埋葬村民们的尸骨时，在坟墓里又遇见了昨天那个小孩，他正在掩埋亲人的遗骸，面上并无泪水，只是坚强地说了一句话：“我要以剑救人”。比古清十郎将美酒浇在坟墓上，也只对心太说了一句：“你跟我走吧，心太这个名字太软弱，以后你就叫剑心吧！” 就这样， 剑心跟随这位世外高人苦学剑术，5年后，剑术已达登峰造极之境。但他与师傅对以剑救世，以剑救人的信念的分歧日益明显。师傅认为虽然自己身怀绝学，竟连身边的弱者都保护不了，只能亲手将他们埋葬，他认为凭个人力量不能挽救些什么，他对这个乱世已失去信心，想隐居不再过问世事。他知道剑心投身于乱世只会成为政客和野心家的杀人工具。
而剑心作为热血少年，一心要以剑保卫弱者，铲除恶人，结束乱世。为正义而挥剑杀人是他当时的理想。两人常在争吵声中度日，比古清十郎也想考验一下剑心，因此并没有将飞天御剑流的最终奥义--天翔龙闪传授给他，（10年后还是教给他了）终于，剑心不辞而别，踏上了维新的崭新人生旅途。革命是需要流血的，剑心加入长洲城维新派属下的高杉晋作的奇兵队后凭借出神入化的剑术，尤其是拔刀术，成为幕末最强的剑客，一把剑染满鲜血。人称刽子手拔刀斋，由于幕末不同的维新派别之间经常相互争斗，树敌甚多。
一次，在执行暗杀任务时，剑心将少女雪代·巴的未婚夫清里杀死，清里临死前强烈的求生欲望促使他在剑心的面颊上划出一道刀痕。 一个春雨霏霏的美丽夜晚，剑心遭到刺客袭击，但那个不自量力的忍者顷刻变成了血肉模糊的死尸，血腥的一幕恰好让喝醉了酒而途经此地的雪代巴看见了。她当场昏蹶过去。剑心本想杀人灭口，但她身上那种久违了的白梅香使他不忍心下手，于是把她救了回去。
未几，因为长洲城维新派与另一个势力强大的倒幕派－－新撰组发生争斗，在池田屋大战中交战失利，而剑心亦无法战胜该组第三队组长--斋腾一。又加上有内奸出卖，险些被幕府全歼，剑心与其他维新志士只能转入地下斗争。雪代巴和弟弟雪代缘此时接受了幕府暗乃武忍者组织的委托接近剑心，试图找出他的弱点，雪代巴也想乘机为未婚夫报仇。剑心一开始就保持警惕，几次差点杀掉巴，后来由于作战失利，组织上要求剑心和雪代巴假扮夫妇暂时在乡村隐居等待机会。随着时间的流逝，16岁的剑心和20多岁的雪代巴日久生情，两人决定共谐连理，过隐居生活，而雪代巴也被剑心的远大理想和伟大人格所折服，放弃了报仇的想法，为了不让剑心成为只会杀人的狂刀，雪代巴愿意成为这把刀的刀鞘。而剑心也觉得和善良的雪代巴在一起使他能忘记杀戮，一种和平宁静的感觉油然而生。
这其间组织的内奸也被清除，忍者组织见计划失败，便劫持雪代巴来要挟剑心，并布下天罗地网，要剑心永远消失。然而正如剑心所说：“马上把雪代巴交出来，否则，死……！” 剑心独闯龙潭，随着忍者们前赴后继地倒下，剑心也付出沉重代价，因被忍术和幻术所伤，几乎失去视觉，听觉，嗅觉，触觉 最后虽然胜利了 但巴~~~