汤姆是一个聪明但调皮的孩子，他和波莉姨妈一起生活在圣彼得斯堡镇。汤姆不喜欢呆板的学校教育，一心想过行侠仗义的生活。
　　在学校，汤姆认识了一个名叫贝琪的女孩，喜欢上了她，并和她“订婚”了。得意忘形的汤姆无意中说出了与艾美·劳伦斯的关系，让贝琪以为自己上当了，不再理汤姆。因为这件事，汤姆晚上睡不着觉，半夜从家溜出来，和他的伙伴哈克去墓地埋一只死猫。没想到，不久后他们就看到三个人来到了墓地，挖出了一具尸体。恶棍印江·乔埃因为没要到医生的报酬，杀死了医生，并嫁祸给了在打斗过程中昏倒的酒鬼莫夫·波特。
　　汤姆在这件事后整日担心受怕，波莉姨妈用了许多荒唐痛苦的方法治疗他。汤姆在三重压力下，决定离家出走，和哈克、乔埃一起去当海盗。他们乘船到了一座岛上，过了几天自在生活，但很快就想家了。汤姆偷偷回去了一次，得知马上将举行他们的丧礼，于是三人在那天回去出席自己的丧礼，大出风头。
　　回到学校后，汤姆因为替贝琪受罚得到了原谅，并在法庭上作证揭发了印江·乔埃，而那个恶棍却跳窗逃了。后来，汤姆和哈克迷上了寻宝，结果竟然发现了印江·乔埃和一个西班牙人，那两个人挖出了一袋金币，并说要藏到一个名叫“2号”的地方的十字架下。汤姆认为，那是一个旅店的2号房间。。于是，他们俩来到旅店，哈克望风，汤姆去了2号门，结果看见了醉倒的印江·乔埃。逃脱后他让哈克每晚去旅店旁转悠，发现动静就到汤姆家门口学猫叫。
　　两天后，汤姆去参加了贝琪举办的野餐会，却在一个山洞中一起迷路了。他俩找到水源后，吃了点蛋糕就昏睡了过去。醒来后，汤姆用找到的风筝线绑在石头上，边走边放线，摸索出口，但却碰见了印江·乔埃，赶忙回到了原地。
　　几天后，贝琪已经完全绝望，汤姆坚持着寻找出口。没想到居然真找到了。他回去说服贝琪，带她出了山洞，被河下流的人带回了小镇。
　　回到镇里，从汤姆口中人们得知印江·乔埃被封在了洞里，结果找到了洞中乔埃的尸体。汤姆也推测出“2号”的真正位置，和哈克一起找到了宝藏。哈克也被寡妇收养，回归文明社会。