微生物最主要的特点就是体积小，种类多，繁殖迅速，适应环境能力强。微生物广泛分布于自然界中。可以说，凡是它们能够生存的地方，都是它们的家园。当然，微生物聚集最多的地方还是土壤，那里为微生物生长提供了所需要的各种基本要素，而且还具有保温性能好、缓冲性强等优点，因此，土壤是微生物的大本营，是人类最丰富的菌种资源库。土壤中尤以细菌最多，约占土壤微生物总量的70-90%。土壤中不同类型的细菌有不同的作用。有的能够固定空气中的氮元素，合成细胞中的蛋白质；有的能够分解农作物的秸杆，它们大多是属异养菌。除了细菌以外，土壤中数量较多的其它微生物是放线菌（抗生素的主要产生菌）和真菌，而藻类和原生动物等较少。土壤微生物是构成土壤肥力的重要因素。

　　在阴湿的土壤、潮湿的朽木、腐烂的植物和堆肥上，还生活着另一些微生物，叫做粘菌。它们是一类营养方式和生活史近似于原生动物，但又近似于真菌的真核微生物，也有人称之为粘菌虫(mycetozoa)。在粘菌的生活史中，有一阶段能形成一块有许多细胞核的像变形虫状的原生质团，这种原生质团能自由生活、外包有无定形的胶质鞘、无细胞壁、内不含叶绿素。它们借助于伪足伸缩来行动，营养方式为吞咽式或吸收式。原生质团生长到某一阶段，在一定的环境条件下，可转变成为颜色艳丽的子实体并产生孢子。发网菌就是粘菌中的一种。

　　水环境包括江、河、湖泊等淡水环境以及海洋等咸水环境。水中溶解或悬浮着多种无机或有机物质，可供给微生物生长繁殖所需要的营养。所以，水环境是微生物栖息的第二天然场所。城市的生活污水以及工业废水，有机物含量高，种类复杂，其中的微生物多数为腐生型细菌和原生动物，能够在天然水体的自净和污水处理中发挥作用。海水中的微生物多为嗜盐菌，有些细菌能发光，对一些化学药剂与毒物敏感，可用于环境污染物的监测。

　　空气虽然不是微生物生长繁殖的良好场所，但土壤、水体、各种腐烂的有机物以及人和动物、植物体上的微生物，都可随着气流的运动被携带到空气中去。空气中的微生物分布很不均匀，人口稠密地区上空的微生物数量较多。空气中的微生物主要有各种球菌、芽孢杆菌、产色素细菌以及对干燥和射线有抵抗力的真菌孢子。在人口稠密、污染严重的城市，尤其是在医院或患者的居室附近，空气中还可能有较多的病原菌。空气中的微生物与动物、植物病害的传播、发酵工业的污染以及工农业产品的霉腐变质有很大关系。

　　各种农产品经常会受到微生物的危害，主要是霉菌，有些黄曲霉产生的黄曲霉毒素对人、畜危害极大，而且有致癌作用。许多食品、工业产品也经常受到霉腐微生物的侵蚀和破坏，因此，霉腐微生物的防治一直是工业、农业及食品卫生行业工作的重点之一。

　　人体及动物体上的微生物，在正常情况下，是有益无害的正常菌群。但当机体防御机能减弱时，也会成为病原微生物。此外，在植物的体表或体内，还会有一些病原微生物存在，例如使植物发生病害的各种细菌、真菌和病毒等。